Indah Water ditubuhkan pada 2 April 1994[1] selepas Kerajaan Persekutuan telah menganugerahkan konsesi kepada syarikat untuk mengambil alih perkhidmatan pembetungan seluruh negara, di mana sebelum ini di bawah tanggungjawab Pihak Berkuasa Tempatan.[3] Sejak itu, Indah Water telah mengambil alih perkhidmatan pembetungan daripada semua pihak berkuasa tempatan kecuali Kelantan, Sabah, Sarawak, Majlis Bandaraya Johor Bahru dan Majlis Perbandaran Pasir Gudang.[3][5]

Pada Jun 2000, sebagai testimoni seriusnya, Kerajaan telah memastikan sistem pembetungan yang teratur dan efisien dikendali dan diselenggarakan dengan jayanya. Kerajaan melalui Menteri Kewangan Diperbadankan telah mengambil alih semua ekuiti dalam Indah Water daripada pemilik persendirian terdahulu.[3]

Sehingga Februari 2019, Indah Water berkhidmat untuk lebih daripada 25 juta penduduk yang setara, mengendalikan dan menyelenggarakan lebih daripada 7,000 loji rawatan kumbahan dan sekitar 20,000 km saluran paip kumbahan bawah tanah.[6]

Indah Water melancarkan buku bertajuk Indah Water Memacu Negara pada Disember 2019, sempena ulang tahun penubuhannya ke-25.[7][8][9]